Суть біологічного моніторингу (біомоніторингу) полягає в тому, щоб протягом тривалого часу спостерігати за станом вибраних місцевостей (біотопів/ареалів) шляхом вивчення таких організмів, які можуть швидко реагувати на зміни умов свого середовища. Під час нашого моніторингу ми зосередимося на отриманні основних даних про водні місця проживання та навколишнє наземне середовище та організми, які їх населяють.
Якість водного середовища можна контролювати на багатьох рівнях. Видове різноманіття існуючих організмів (від бактерій до риб та інших водних і земноводних хребетних) контролюється на рівні групи. На популяційному рівні (група особин одного виду, що проживають на спільній території) можна оцінити зміни чисельності, вікової та статевої структури, чисельності та якості потомства (відтворення). З практичних міркувань біомоніторинг часто обмежується безперервним виявленням наявності/відсутності видів з високим потенціалом біоіндикації, тобто тих, які чутливі до очікуваних змін у навколишньому середовищі (наприклад, хімічне забруднення води).
Результатом біомоніторингу має стати інформація про поточну поширеність виділених видів (біоіндикаторів) в окремих місцевостях та їх взаємне порівняння не лише на біологічному, а й на екологічному рівні. При визначенні забруднюючих речовин важливо орієнтуватися на здатність цих речовин накопичуватися в тканинах організмів, що може вплинутинасамупоширеністьспостережуваноговиду. Біомоніторинг, на відміну від хімічного та фізичного аналізу води, відображає довгостроковий стан водного середовища, а також довгострокові наслідки короткочасного забруднення чи інших втручань у водні екосистеми.
Основним нашим завданням буде визначення різноманітності організмів у вибраних місцевостях та можливої наявності біоіндикаторів, які будуть «дзеркалом» довкілля в басейнах річок Лаборець та Уж. Чим різноманітніше життя ми знаходимо у водах та їх околицях, тим кращою має бути водна екосистема в цих районах. Окрім самої наявності організмів у спостережуваних місцевостях, нас також зацікавлять деякі їхні властивості, які також відображають стан навколишнього середовища. На додаток до моніторингу морфологічних ознак, ми будемо використовувати інші процедури, такі як біохімічні, фізіологічні тести або поведінкові методи.
Не забуваймо, що біомоніторинг слід проводити багаторазово в одні й ті ж періоди, в один і той самий ріктаоднією методологією, щоб результати були порівнянними між роками.